氨基酸非鍵作用指數(shù)用于HLA-A*0201限制性CTL表位定量預(yù)測研究

目的 預(yù)測SSX-1和SSX-4抗原HLA-A*0201限制性表位.方法 從分子的三維空間結(jié)構(gòu)出發(fā),基于靜電、立體、疏水這三類與生物活性直接相關(guān)的非鍵作用方式,經(jīng)主成分分析技術(shù)(PCA)得到了一種新的分子結(jié)構(gòu)表達方法--氨基酸非鍵作用指數(shù).利用該指數(shù)結(jié)合偏最小二乘(PLS)算法對152個HLA-A*0201限制性CTL表位進行了定量構(gòu)效關(guān)系(QSAR)建模,再使用該模型對SSX-1和SSX-4抗原HLA.A*0201限制性表位進行預(yù)測.結(jié)果 預(yù)測出8個活性值大于7的九肽表位.結(jié)論 通過對SSX-1和SSX-4抗原HLA-A*0201限制性表位的預(yù)測,從而為SSX-1和SSD-4抗原HLA-A*0201限制性表位的實驗探測和鑒定打下了基礎(chǔ).

作 者： 張夢軍 周鵬 李聲時 肖正華 鄧金 ZHANG Meng-jun ZHOU Peng LI Sheng-shi XIA Zheng-hua DENG Jing   作者單位： 張夢軍,肖正華,鄧金,ZHANG Meng-jun,XIA Zheng-hua,DENG Jing(第三軍醫(yī)大學(xué)醫(yī)學(xué)檢驗系分析化學(xué)教研室,重慶,400038)

周鵬,李聲時,ZHOU Peng,LI Sheng-shi(湖南大學(xué)化學(xué)生物傳感與計量學(xué)國家重點實驗室,長沙,410082;重慶大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院,重慶,400044) 

刊 名： 免疫學(xué)雜志  ISTIC PKU 英文刊名： IMMUNOLOGICAL JOURNAL  年，卷(期)： 2007 23(4)  分類號： O641.12  關(guān)鍵詞： SSX-1   SSX-4   氨基酸非鍵作用指數(shù)   HLA-A*0201   CTL表位   定量構(gòu)效關(guān)系  

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