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植物基因轉錄起始頻率分析

時間:2023-04-26 20:14:02 生物醫學論文 我要投稿
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植物基因轉錄起始頻率分析

利用UniGene數據庫轉錄本序列數據,通過生物信息學方法,對已有全長mRNA序列數據的基因進行其轉錄本5'端序列的比對,獲得該基因編碼區前所有轉錄本的啟始位點信息.通過7種植物17437個基因的分析表明,植物基因平均在171 bp(mRNA水平上)或174 bp(基因組水平上)的區間內轉錄啟始,轉錄頻率分布基本呈正態分布.為此我們研發了基因轉錄啟始頻率分析程序包PIFMaker,并基于以上分析獲得的數據,建立了植物基因轉錄頻率數據庫(PIFdb,http://ibi.zju.edu.cn/bioinplant/).本研究分析基于該數據庫第2版(Release 2.0)的數據.

植物基因轉錄起始頻率分析

作 者: 張揚 徐國華 樊龍江 ZHANG Yang XU Guo-hua FAN Long-jiang   作者單位: 張揚,ZHANG Yang(浙江大學IBM生物計算實驗室,浙江,杭州,310029)

徐國華,XU Guo-hua(浙江大學,作物科學研究所,浙江,杭州,310029)

樊龍江,FAN Long-jiang(浙江大學IBM生物計算實驗室,浙江,杭州,310029;浙江大學,作物科學研究所,浙江,杭州,310029) 

刊 名: 浙江大學學報(農業與生命科學版)  ISTIC PKU 英文刊名: JOURNAL OF ZHEJIANG UNIVERSITY(AGRICULTURE & LIFE SCIENCES)  年,卷(期): 2006 32(2)  分類號: Q78  關鍵詞: 轉錄位點   轉錄起始頻率   UniGene   PIFdb   水稻   擬南芥  

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