基于兩層分類器的半胱氨酸氧化還原狀態預測方法

提出了兩層混合分類器來預測蛋白質半胱氨酸氧化還原狀態,第一層總體線性分類器利用氨基酸百分含量作為輸入信息,第二層局部SVM分類器利用半胱氨酸周圍局部序列作為輸入信息.以2002年4月份的PISCES culled PDB數據庫中的639條蛋白質多肽鏈作為研究對象,共含有584條二硫鍵,2 904個半胱氨酸.經嚴格的折疊刀方法檢驗,預測半胱氨酸的氧化還原狀態準確率最高可達84.1%(半胱氨酸水平)和80.1%(蛋白質水平).結果表明這種將蛋白質總體信息與局部上下文序列信息結合起來構建的兩層混和分類器具有較高的預測準確率.研究結果也表明總體氨基酸百分含量和半胱氨酸周圍局部序列都攜帶有二硫鍵形成的相關信息,暗示了半胱氨酸是否形成二硫鍵不但取決于蛋白質全局的結構信息同時也受到局部序列信息的影響.

作 者： 宋江寧 李煒疆 須文波 SONG JiangNing LI WeiJiang XU WenBo   作者單位： 宋江寧,李煒疆,SONG JiangNing,LI WeiJiang(江南大學工業生物技術教育部重點實驗室,江蘇,無錫,214036;江南大學生物工程學院,江蘇,無錫,214036)

須文波,XU WenBo(江南大學信息工程學院,江蘇,無錫,214036) 

刊 名： 計算機與應用化學  ISTIC PKU 英文刊名： COMPUTERS AND APPLIED CHEMISTRY  年，卷(期)： 2006 23(2)  分類號： Q61  關鍵詞： 二硫鍵   半胱氨酸   氨基酸百分含量   支持向量機   協同性  

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