miR-15a靶基因的預測及生物信息學分析

目的:對目前研究較為廣泛的miR-15a的靶基因進行預測及相關生物信息學分析,以期為miR-15a靶基因的實驗驗證提供數據支持,并為深入研究miR-15a的調控機制及生物學功能奠定基礎和提供理論指導.方法:選擇TargetScan 5.1與PicTar兩種計算方法預測miR-15a的靶基因的交集作為分析的基因集合,分別進行GO注釋描述、GO富集分析和生物通路富集分析.結果與結論:預測靶基因集合分別富集在轉錄調控、蛋白質修飾、細胞周期等生物學過程和蛋白激酶活性等分子功能上(P<0.01);經典miR-15a預測靶基因集合顯著富集于KEGG通路數據庫中的Wnt信號通路、細胞周期和p53信號通路等5個信號轉導通路及前列腺癌、慢性髓細胞性白血病、黑素瘤等7個疾病通路中(P<0.05).

作 者： 張菁 鄒淑雪 張茂林 關振宏 段銘 ZHANG Jing ZOU Shu-Xue ZHANG Mao-Lin GUAN Zhen-Hong DUAN Ming   作者單位： 張菁,ZHANG Jing(湖南農業大學,動物醫學院,湖南,長沙,410128;人獸共患病研究教育部重點實驗室,吉林大學,人獸共患病研究所,吉林,長春,130062)

鄒淑雪,ZOU Shu-Xue(吉林大學,計算機科學與技術學院,吉林,長春,130012)

張茂林,關振宏,段銘,ZHANG Mao-Lin,GUAN Zhen-Hong,DUAN Ming(人獸共患病研究教育部重點實驗室,吉林大學,人獸共患病研究所,吉林,長春,130062) 

刊 名： 生物技術通訊  ISTIC 英文刊名： LETTERS IN BIOTECHNOLOGY  年，卷(期)： 2010 21(2)  分類號： Q811.4  關鍵詞： miRNA   靶基因   生物信息學  

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