k-長DNA子序列頻數分布研究

在詳細闡述了生成DNA序列分形圖像的Hao方法后,提出一種能夠直觀顯示k-長DNA子序列頻數分布差異性的三維頻數分布圖生成方法.把3D頻數分布圖轉化為1D對數頻譜圖,突出顯示了頻數分布的局部特征,提出k-長DNA子序列頻數區劃分準則,并詳細研究了甚高頻數區的n階零間隔現象,指出n階零間隔分布就是基因組進化過程所留痕跡的假設,并給出對數頻譜圖特征的生物學解釋.實驗發現許多DNA序列頻數概率分布近似服從非中心F分布,對于分布呈多峰現象的基因組序列,可采用多個非中心F分布的疊加來擬合.在比較非中心F分布與Gamma分布后,提出一種結合二者在擬合方面具有互補優勢的新分布,實驗證明這種新分布能夠更好地吻合實際DNA序列的頻數分布.最后研究了兩種特異出現頻數(最高出現頻數與出現頻數為1的k-長子序列個數)與k值的關系,發現不同物種的這兩種關系具有良好的一致性.

作 者：   作者單位：   刊 名： 生物物理學報  ISTIC PKU 英文刊名： ACTA BIOPHYSICA SINICA  年，卷(期)： 2006 22(3)  分類號： Q5  關鍵詞： DNA序列   k-長DNA子序列   三維頻數分布圖   非中心F分布   分形   n階零間隔  

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