基于氨基酸組成分布的蛋白質同源寡聚體分類研究

基于一種新的特征提取方法--氨基酸組成分布,使用支持向量機作為成員分類器,采用"一對一"的多類分類策略,從蛋白質一級序列對四類同源寡聚體進行分類研究.結果表明,在10-CV檢驗下,基于氨基酸組成分布,其總分類精度和精度指數分別達到了86.22%和67.12%,比基于氨基酸組成成分的傳統特征提取方法分別提高了5.74和10.03個百分點,比二肽組成成分特征提取方法分別提高了3.12和5.63個百分點,說明氨基酸組成分布對于蛋白質同源寡聚體分類是一種非常有效的特征提取方法;將氨基酸組成分布和蛋白質序列長度特征組合,其總分類精度和精度指數分別達到了86.35%和67.23%,說明蛋白質序列長度特征含有一定的空間結構信息.

作 者： 施建宇 潘泉 張紹武 程詠梅 SHI Jian-yu PAN Quan ZHANG Shao-wu CHENG Yong-mei   作者單位： 施建宇,潘泉,程詠梅,SHI Jian-yu,PAN Quan,CHENG Yong-mei(西北工業大學自動化學院,西安,710072)

張紹武,ZHANG Shao-wu(西北工業大學自動化學院,西安,710072;西北工業大學生命科學院,西安,710072) 

刊 名： 生物物理學報  ISTIC PKU 英文刊名： ACTA BIOPHYSICA SINICA  年，卷(期)： 2006 22(1)  分類號： Q617  關鍵詞： 氨基酸組成分布   二維主成分分析   支持向量機   同源寡聚體  

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